Ja, als Dachdeckermeister gehört es zum Berufsbild und Ausbildung die Statik von Dachstühle und Dachgauben zu berechnen, aufzureißen und anschließend handwerklich auszuarbeiten und aufzustellen.
Dies ist in der Handwerksordnung geregelt:

„§ 1 Übergangsgesetz aus Anlaß des Zweiten Gesetzes zur Änderung der Handwerksordnung und anderer handwerksrechtlicher Vorschriften
(2) Die wesentliche Tätigkeit Herstellung und Reparatur von Dachstühlen des Gewerbes Nummer 3 Zimmerer der Anlage A zur Handwerksordnung wird auch dem Gewerbe Nummer 4 Dachdecker der Anlage A zur Handwerksordnung als wesentliche Tätigkeit zugeordnet.“
Quelle: http://www.gesetze-im-internet.de/hwoua_g/__1.html

In der Regel sind Dachfenster in Bayern grundsätzlich genehmigungsfrei.
Hier gibt es allerdings einige Punkte zu beachten, zu denen Sie entweder Ihr Dachdecker oder Architekt beraten kann oder Sie direkt beim Bauamt, in Freising z.B. das Landratsamt Freising, sich informieren können.

In Deutschland ist grundsätzlich für den Einbau von Dachgauben eine Genehmigung erforderlich, aber es gibt vereinfachte Verfahren ohne Baugenehmigung, wenn ein Bebauungsplan den Einbau von Gauben vorsieht. Andernfalls muss jede Gaube vorab vom Bauamt genehmigt werden. Zusätzlich muss geprüft werden, ob das Tragwerk des Gebäudes die zusätzliche Last einer Gaube aufnehmen kann. Die Größe der geplanten Gaube ist entscheidend für eine Baugenehmigung.

Ein weiteres wichtiges Kriterium ist das Erscheinungsbild der Umgebung. Die Gemeinde kann vorgeben, ob Gauben generell erlaubt sind, welche Form diese haben können und ob sie aus optischen Gründen nicht gewünscht sind. Dies ist in der kommunal spezifischen Gestaltungssatzung festgelegt und kann im Zweifelsfall Gegenstand einer individuellen Zulässigkeitsprüfung sein.

Für Hausbesitzer ist es auf jeden Fall empfehlenswert und meist notwendig, sich vor dem Einbau einer Gaube über die örtlichen Vorschriften und Bedingungen zu informieren, um unangenehme Überraschungen zu vermeiden. Wenn alle Voraussetzungen erfüllt sind, kann der Einbau einer Gaube das Aussehen des Hauses verbessern und zusätzlichen Wohnraum im Dachgeschoss schaffen.
Z. B. in Freising direkt wäre hier die Bauverwaltung Freising zuständig. Im Landkreis Freising können es auch die jeweiligen Gemeinden selbst sein.

Zusammengefasst kann man sagen, dass der nachträgliche Einbau einer Dachgaube nicht nur mit dessen handwerklichen Kosten (Gerüst,  Abriss, Gaubeneinbau, Gaubenfenster, Trockenbauarbeiten, Spenglerarbeiten usw. ca. 25–45T€ je nach Ausführung und individuellen Gegebenheiten) verbunden ist, sondern hier auch noch mit planerischen Kosten für Eingabeplanzeichnung, Antragsabwicklung, Statik und Brandschutz zu rechnen ist.